Habitée par des principes de tolérance, elle prend parfois partie pour les prisonniers contre les mesures disciplinaires qu'elle juge trop sévères.
Elle joue un grand rôle dans les relations entre prisonniers. Elle va tenter une thérapie victime/agresseur en faisant se rencontrer Alvarez et Rivera. Rivera est l'agressé puisqu'il s'est fait crever les yeux par Alvarez.
Soeur Peter Marie va également apprendre que l'un des prisonniers sait qui a tué son mari.
Lors d'un entretien avec Chris Keller, ce dernier va la séduire et elle doutera de sa foi en Dieu. Elle décidera même de quitter les ordres mais elle va se rendre compte que Keller la manipule pour qu'elle le rapproche de Tobias Beecher.